自从南方仁阴差阳错地来到了江户时代之后已经过去了两年。有一天，仁看到了橘咲的样子有一些失落，很是在意，于是便登门拜访，从咲的哥哥恭太郎那里得知，其母亲荣得了脚气。据恭太郎表示，几天前咲因为担心母亲的身体而回到了家，却因此而使得婚事告吹，荣为此感到很生气，之后甚至都不允许其踏入家门。仁打算要帮助荣，考虑到其喜欢吃甜的东西，所以仁决定利用某种点心来治疗她的脚气。
某日，坂本龙马为了向仁寻求帮助，特地从京都赶来。据坂本龙马称，胜海舟的师父佐久间象山遭人袭击，身负重伤，处于濒死的状态。考虑到帮助对于时代有着巨大影响的重要人物，将很有可能会改变历史，仁对此也是感到很困惑，不过他还是跟着龙马来到了京都。在仁的竭力治疗下，象山总算是保住了一条性命。就在此时，从意识恢复的象山口中，得知了一件惊人的事实。 之后仁便留在了京都，专心为那些在长州与萨摩的战争当中受伤的人们进行治疗，却不料又被突然出现的新选组带走，来到了身在萨摩藩邸的西乡隆盛的面前。西乡身患虫垂炎，必须要马上切腹进行紧急手术，否则就将会有生命危险。
仁医2分集剧情介绍第2集
由于南方仁提出的安道名津作为一种治疗脚气的点心确有奇效，因此该物也是很快地便在整个江户城内都传开了。某一日，奥医师、同时也是来自于西洋医学所的人士松本良顺前来拜访仁，并且表示因皇女和宫被疑患有脚气，希望仁能够为其献上安道名津。这原本是一件非常光荣的事情，橘咲等“仁友堂”的众人们对于此事也是感觉到非常地高兴，但是仁却因为担心历史会因此而再一次发生改变，所以一个人在那儿烦恼着。
在此期间，仁与被赶出长屋、正在四处重新寻找工作的野风再一次相遇。仁对野风的事情很是挂心，因此极力地劝说野风希望她能够进入到“仁友堂”工作，帮助“仁友堂”度过了经营危机的咲也是非常地欢迎野风的加入。 数日以后，最终下定了决心愿意将安道名津献上的仁，与咲一起前去拜访和宫。在平安献上之后，看着和宫津津有味地吃着东西的样子，仁也是暂时松了一口气。可是没过多久，和宫却突然当场倒地。
