野心越来越大的脱列哥那在窝阔台重病期间，尝到了权利的甜头，她再也等不及窝阔台自己咽气，下毒手害死了窝阔台大汗，自己当起了监国。她不断给自己的儿子贵由画饼，精明的贵由看出了母亲想独霸大权的意图，母子关系微妙起来。
被贬边疆的忽必烈听取了察必和自己母亲帖尼的意见，隐去锋芒，搜罗门客，积攒力量。这期间，刘秉忠、郝经、姚枢等一大批日后为忽必烈立下大功的谋臣都聚集到了忽必烈身边。当上监国的脱列哥那正好相反，她任人唯亲，除去有才能的大臣武将，重用一些善于虚溜拍马的小人，一时间，汗廷上下暗潮汹涌，批评之声日盛。掌握大权的脱列哥那还是放不下忽必烈这块心病，想将忽必烈身边对他帮助极大的帖尼先行除去，想出了让自己儿子贵由娶帖尼的毒计。
这条消息让所有人不知所措。而成吉思汗的心腹大臣，大智者耶律楚材在生命即将走到尽头之际，留下了破解这个计策的办法，帮助帖尼渡过难关。
脱列哥那的所作所为让她的儿子贵由无法容忍，终于逼宫，让脱列哥那结束了自己荒唐的监国生涯。在推举新任大汗之际，忽必烈选举了贵由而没有推举自己的哥哥蒙哥，蒙哥很生气，质问忽必烈，忽必烈指出现在他们与贵由的实力还存在差距，如果现在蒙哥当了大汗，在兵力和道义上都会陷入被动，到时候极有可能陷入四面楚歌的境地。蒙哥虽然接受了忽必烈的说法，但心中对忽必烈极为不满。在贵由成为大汗之后，肃清了脱列哥那提拔上来的众多废物，稳定了蒙古的时局。不久脱列哥那病倒。另一方面，忽必烈学习汉法，以汉法治汉地，将自己管辖的一片贫瘠之地治理得欣欣向荣。此时，将自己的野心隐藏的很好的李璮也成为忽必烈麾下的一员。在此过程中，云林一边把忽必烈的消息传给脱列哥那，一边破坏忽必烈和察必的感情，并且设计加害怀孕的察必，察必幸免于难。脱列哥那得知忽必烈实力大增，担心自己死后贵由无力对付拖雷一系，便命云林害死忽必烈。最终云林在紧要关头时放弃，救了忽必烈一命。云林也因此被脱列哥那杀害，最终死在忽必烈怀中。忽必烈一怒之下处死凶手。脱列哥那含恨而终。
贵由早已和钦察汗国的长子拔都产生冲突，忽必烈料到贵由上台之后一定会对拔都加以手段，密会拔都。拔都显然对贵由不放在眼里，忽必烈无奈。果然，在贵由即位的第二年，他借养病之由带足人马西征讨伐拔都。忽必烈得知消息，即刻派人送给拔都密函，拔都听后大怒，便派其弟昔班去侦查情况。结果昔班在一怒之下，和贵由双双倒下。为了稳定政局，贵由大汗的死被忽必烈隐瞒，说他在养病期间病倒而死。贵由死后拔都以最高长子之权，推选蒙哥为新大汗。蒙哥成为大汗之后，委以忽必烈重任。通过之前多年韬光养晦的忽必烈也终于有了大展手脚的机会，开府金莲川。忽必烈在军营中见几个蒙古士兵在欺负一个十几岁的汉人男孩，却一一被男孩打倒。忽必烈见他会点武功，就收留他照料自己的战马。察必目光长远，提醒忽必烈不能一味招揽文臣谋士，也应该多招揽一些武将，忽必烈听从察必的建议，得到了西域大将哈古朗等人。哈古朗的女儿库撒儿也跟随父亲来到金莲川。她性如野马武功高强，在一次当地大型摔跤比赛中展露锋芒，却输在忽必烈手上。察必决心把库撒儿争取过来给忽必烈做妻子，忽必烈却认为她太野蛮。姑娘库撒儿得知打败自己的就是鼎鼎大名的忽必烈，顿时爱上了他，主动追求忽必烈。忽必烈的快速崛起，大大出乎蒙哥的意料，蒙哥身边不少大臣都劝蒙哥对忽必烈应当有所保留，蒙哥自己对忽必烈亦暗生龃龉。察必提醒忽必烈不要忘乎所以，有些被顺境冲昏头脑的忽必烈醍醐灌顶，意识到自己也犯了与父亲一样的错误。与此同时，蒙哥针对忽必烈的措施也开始慢慢作用到忽必烈身上，忽必烈深深觉得这样下去自己只会与蒙哥手足相残。忽必烈与察必等人商议如何是好，但最后，他还是选择了兄弟的情谊，决定向蒙哥交出自己所有的兵权。忽必烈独自前往蒙哥处，向自己的哥哥承认错误。为了打消蒙哥对自己的疑虑，忽必烈放弃所有，与家人又回到领地金莲川，过上了每天骑马饮酒的看似颓废的生活。而蒙哥见忽必烈如此，相信了忽必烈没有反抗自己的意识。此间，在察必的暗中帮助下，姑娘库撒儿终于嫁给了忽必烈。蒙哥决定完成先人的遗志--消灭南宋，统一中国。蒙哥召集众人，商讨决议。忽必烈认为此时出兵操之过急，南方气候与草原气候不同，多有沼泽瘴气，加之蒙古骑兵不善于山地作战，应该做好充足准备之后再南下攻宋，否则只是以己之短，攻彼之长。但是，在好大喜功的气氛下，忽必烈的建议引起了蒙哥极大不满。蒙哥身边的将领也对忽必烈泼的冷水不以为然。蒙哥点出东、西，、中三路大军南下攻宋，却令忽必烈留守。这样大规模的军事行动却没有忽必烈的参与，无奈之余，忽必烈也庆幸自己之前装作毫无斗志，否则现在一定难逃大劫。蒙哥的大军果然遇到了南宋的顽强反抗。尤其东路大军几乎难有进展。军情紧急，忽必烈顾不得许多，主动向焦头烂额的蒙哥请缨，愿意为蒙哥立下战功。蒙哥同意了忽必烈的请求。忽必烈带着察必和姑娘库撒儿奔赴战场。同时，察必的二子真金显示出聪敏过人的素质，察必看到了忽必烈后人的希望。
