第9集为争黑暗之书博士设局中局

　　艾达囚禁梅，是为了造出跟梅一样的机器人替代品。现在，这个“梅”进入了神盾局的同事中，而大家毫无察觉。杰弗瑞正安排大家如何妥善处理《黑暗之书》。菲尔告诉这个梅，协同博士清空艾达的硬盘，因为艾达读过了《黑暗之书》。博士和菲兹替艾达惋惜，迈克提醒他们，艾达只是个机器人，首先要提防的是机器人的崛起和反击杀戮。博士同意了。但博士和菲兹带人去处理艾达时，反而被艾达所伤。艾达还杀掉了他们带去的俩个警员。维杰是纳迪尔议员的亲弟弟，他就是西蒙斯从茧里解救出来的那个异人。纳迪尔带他在幽静的别墅里休养。她想探问维杰在茧里的七个月里究竟发生了什么，维杰没说，而是向她夸起了解救他的西蒙斯。纳迪尔议员对异人和神盾局一向充满敌意，听了这话很不高兴地转移了话题。杰弗瑞带黛西、西蒙斯去找维杰，而参议员显然已安排监察者要除掉她的亲弟弟维杰。但当监察者们真的用枪指住维杰的脑袋时，纳迪尔还是心软了。杰弗瑞和黛西西蒙斯找到了别墅。纳迪尔带人拦住了他们。这时，楼上传来枪响声，原来，监察者们趁纳迪尔不在场，想除掉维杰。维杰的异能被激发了，他除掉了他们。这时，西蒙斯和纳迪尔同时走了进来，西蒙斯邀请维杰来神盾局，纳迪尔表示反对，并说神盾局只是想把维杰变成可以利用的武器。她让维杰跟她一起离开。维杰被姐姐的亲情打动了，不料上了直升机，纳迪尔就亲手击毙了自己的弟弟维杰。她这个举动，再次获得了监察者们的信任。艾达进入了神盾局的电脑系统，她断掉了整个基地的电源。艾达说她想拿到黑暗之书。菲尔安排迈克、悠悠球等人作阻止艾达进入基地的第一道防线，他和梅来阻止她进入基地。菲兹和博士去启动基地的备用电源。艾达通过梅，找到了菲尔以为隐藏得很好的黑暗之书。正要离去，菲兹和博士追上了她。菲兹已将基地系统重置，艾达无法离开了。迈克趁其不备，从她背后砍下了她的头颅，菲兹研究着这个头颅。菲尔则准备自己独自去处理掉黑暗之书。事实上，博士才是幕后主使。现在，他正跟另一个艾达说着心声。他想得到黑暗之书，从而实现人类的永生。下一步，他准备利用梅来达到这个目的。纳迪尔杀掉了自己的弟弟维杰后，坚信自己是正确的。因为她一直认为异人的出现，是外星人进攻地球的表现。她曾和家人一起宣称，起誓说，无论是谁将来不幸被感染，那个还正常的人就要毫不留情地除掉感染者。所以，她虽然悲伤但并不认为自己做的有问题。她交代要妥善处理维杰的尸体，监察者们在维杰的脚上绑了重物，从直升机上将他扔入海底。维杰的尸身触到海底时，一种不明物质再次将他包裹，他又一次成了茧中人。

　　第10集神盾局局长杰弗瑞异人假象穿帮

　　杰弗瑞在公众和媒体面前，隆重介绍了黛西。称她为神盾局最尽责的卧底特工，为保护普通民众做出了一系列英雄事迹，他的宣传，使黛西赢得了公众的爱戴和欢呼声。菲尔和迈克也站在人群中倾听着，菲尔跟黛西的私人感情一直如同父女，他为黛西重见天日而感到由衷高兴。不过，职业特工的敏锐使他注意到，房顶本该有特工守卫的地方，现在空无一人。与此同时，站在较高处的黛西发现了房顶伏低身子的狙击手，她急忙推开了处在危险中的演讲者，杰弗瑞用其神力将讲桌向狙击者掷了过去。人群一片混乱。杰弗瑞和伯罗斯，在迈克和菲尔护送下赶往安全屋。黛西抓住了这个狙击手带回了神盾局。因杰弗瑞不在，国防部长塔伯特代行其职，他让梅和黛西共同审讯这个行刺的狙击手。菲茨让人研究着艾达的头颅，西蒙斯发现后要制止，她认为最好尽快销毁这个头颅，而不是研究。菲兹在博士那儿，博士正说服他，想拿回艾达那个被削掉的头颅，菲兹拒绝了，并劝他这几天不要去神盾局总部。菲兹走后，博士唤出了新艾达，告诉她，他有点担心正在总部的梅的生化机器人替身，怕梅露出破绽，他的计划就都完了。黛西和梅在审讯行刺者，行刺者是个俄国佬，前九头蛇成员。他什么都不肯说。坐在昆式战斗机中，杰弗瑞他们讨论着刚才的刺杀。迈克和菲尔觉得这次刺杀透着蹊跷，不合常理。既没有撤退计划，也没有必胜把握。正想跟神盾局打个电话，发现信号受到了干扰无法联系，这时，机翼突然断裂，伯罗斯竟被突然灌进舱内的风刮出了飞机。震晕了的特工们醒来时，发现飞机坠落，机长已死。行刺、坠机，这肯定不是巧合。杰弗瑞带着菲尔、迈克，钻出了飞机，一同在树林中寻找着伯罗斯。正被博士控制处于昏迷状态的真正的梅，大脑皮质层突然活动频繁。博士有点担心她会死掉。因为艾达杀人程序启动时，有点分不清状况，给博士带来了麻烦，博士准备重新设置她的程序。总部那个生化机器人梅，此时，正跟西蒙斯、黛西一起，找到国防部长，商量营救失联战斗机的事情。塔伯特刚愎自用，置本该在局长不在的情况下，拥有第一权限的西蒙斯于不顾，直接将更高的权限交给了机器人梅。真正的梅突然从昏迷中醒来，她拔掉了插在自己身上的管子，刚跑出封闭柜，就被艾达发现了。艾达掐住了梅的脖子，差点弄死梅。博士及时制止，让她给梅打了镇静针，梅又一次晕了过去。杰弗瑞菲尔迈克三人看到一辆车经过，上面有不少持枪的监察者。伯罗斯已死，他们拿到了箱子，但要打开箱子，除非有杰弗瑞的生物指纹，否则只能用爆炸手段了。事不宜迟，三人马上配合采取了行动，杰弗瑞拿到了箱子，刚一打开，结果被发现的监察者打中腿受了伤。菲尔迈克击毙了监察者，他们看到箱内物品，这才意识到，杰弗瑞并非异人，没有天生神力，他只是靠箱内的药物注射才拥有了神力的。而他这样做，都是奉塔伯特之命，塔伯特想塑造这样一个英雄，从而取得异人族的信任，从而在未来可能发生的第三次世界大战中，拥有致胜法宝。此时，西蒙斯也从塔伯特口中，知晓了这个秘密。她吃惊地提醒塔伯特这种药物配方的副作用，可以使人具有盲目的攻击性，塔伯特不以为然。杰弗瑞在菲尔的安排下，分散对手的注意力，迈克趁机炸毁了对手干扰信号的通信车，黛西和机器人梅也赶到了，除掉了对手。菲兹趁西蒙斯不注意，偷偷研究着艾达的头颅。他接上电后，还与这个头颅对上了话。看西蒙斯来了，他急忙锁上了柜子，说以后不再打开了。回到神盾局，杰弗瑞因为自己的真相被拆穿，有点惴惴不安。菲尔则告诉他，自己对当局长没兴趣，也不喜欢那些政治任务，杰弗瑞继续做局长挺适合的，不过，在专业问题上，菲尔想要说了算。