忽必烈接管了东路军。重新掌握军队的忽必烈制定了针对湿气山地的作战技巧，形势顿时有了变化。然而在一次战役中，姑娘库撒儿不幸流产，忽必烈派人送库撒儿先回去，不料途中被敌人所擒。忽必烈爱妻情切救出了库撒儿，却中了敌人的埋伏，自己和一小队人马被困山间，少年时放生的雄鹰叼来食物，帮助忽必烈度过难关。姑娘库撒儿却因此终身不能生育，忽必烈认为这都是为了自己，非常内疚，也因此对库撒儿更加体贴，从此之后一直把库撒儿带在身边。最终忽必烈率军攻无不克战无不胜，一时名声传遍中原。蒙哥亲自率领的中路军没有进展。蒙哥的部队饱受南方潮湿气候折磨，蒙哥自己也得了瘟疫。弥留之际，他才后悔没有听自己弟弟的话，还怀疑忽必烈有反心，但事已至此，已无可挽回，蒙哥亡故。在蒙古管理朝政的阿里不哥早就忌惮忽必烈的雄才，为此也暗地里招兵买马，为自己能顺利继承汗位做准备。他一看蒙哥战亡，便下决心做好了杀死忽必烈的准备，下令忽必烈迅速回大本营。忽必烈长兄战亡也无心恋战，与南宋议和。亲自率领部队保护大部队撤退。察必看穿了阿里不哥的诡计，他告诉忽必烈阿里不哥已经心怀不轨。忽必烈知道此时回去凶多吉少，身边的谋臣也力劝忽必烈不能回去。但是忽必烈不愿意相信昔日的好弟弟会对自己痛下杀手。做了两手准备后带了一百骑士兵返回。果然，阿里不哥早已派出两千士兵围杀忽必烈。见到弟弟真的对自己下杀手，忽必烈一瞬间悲从中来，但很快清醒过来，与阿里不哥的关系已经无法转变。忽必烈掉头回撤，将两千追兵引入自己早就设置好的包围圈。歼灭这两千追兵之后，忽必烈索性返回开平，自立为汗。忽必烈立汗之后，察必专心教育几个儿子，库撒儿也对察必的儿子真金非常疼爱，越是这样忽必烈就越觉得亏欠库撒儿。察必为了让家族兴旺，给忽必烈找来了另一位妻子乌兰娜仁，为忽必烈生下了更多的儿子。然而库撒儿却认为这都是因为自己不能生育，始终耿耿于怀，对察必产生误会，对乌兰娜仁也百般刁难。忽必烈理解库撒儿，尽量宽容地对待库撒儿的行为。库撒儿深受流产的影响，逐渐对婴孩产生病态的占有欲，几次三番想要加害真金。察必避无可避，最终忽必烈知道了这件事。痛苦的忽必烈想要把库撒儿转移到庙中，从而保证孩子们的安全。但是善良的察必用爱将库撒儿的神智拉回了正常。
阿里不哥得知忽必烈竟然早于自己称汗，大怒，也在草原称汗。最终，兄弟相争的局面也没有避免，草原上升起了两个太阳。这样的结果让忽必烈也很苦恼。大战在即，忽必烈提出要与阿里不哥单独说话。阿里不哥硬着头皮出列，两人在土丘上回顾了快乐的童年时光，但是残酷的现实摆在面前，两人都必须为了权力，为了自己背后的士兵人民而战。在战场上，忽必烈对阿里不哥两次没有赶尽杀绝，反而让自己陷入了苦战。在第二次攻打阿里不哥期间，后方的李璮也叛乱了。忽必烈回头平定李璮之乱，得知心腹汉臣王文统参与其中，后将王文统和一系列参与的汉臣处死。此时的忽必烈突然对朝政汉臣出现了戒备之心。他提拔财政大臣阿合马参政，一方面可以巩固蒙古人在地位上的优势，一方面削弱了汉人的权力。由于突然发生的李璮叛乱，忽必烈一时没有力量彻底打击阿里不哥。两方打起了消耗战。忽必烈凭借自己的战略眼光，切断了对草原的粮食物资的补给。忽必烈与阿里不哥的惨烈的决战中，库撒儿危难之时舍身保护忽必烈。倒在忽必烈怀中的一代奇女子，结束了自己的生命。忽必烈打败了阿里不哥，终于成为了草原上的真正霸主。忽必烈将国号改为元，元朝自此开始。历经多年的武力与智力的角逐，忽必烈终于扫除了当下所有的强敌，南北统一，成为一代帝王。
