李时珍发现苌葶体内有铅中毒的迹象，于是劝解苌葶暂停服丹，苌葶不听，两人发生激烈争执。

　　李时珍向嘉靖进言，请求皇上别再服食丹药，嘉靖大怒，驳回他重修本草的提议。嘉靖吃了苌葶进献的长生不老丹药，忽然病重晕倒。严嵩父子趁机把责任推到李时珍身上，将其下狱。

　　郡主查出其实始作俑者是朱成翊和严世蕃采办回来的假鹿茸。严世蕃将朱成翊推到前面成为替罪羊。嘉靖将朱成翊斩首，荆王痛失爱子。

　　李时珍终于进入太医院禁地查找武宗之死的真正原因，他发现武宗之死竟是一个巨大的阴谋，而且与嘉靖有关……李时珍为华南洗冤昭雪的想法成为泡影。

　　郡主积毒已久，终于身亡。李时珍心灰意冷，萌生去意。他将全部精力投入到修本草上，希望从此人们能辨别真伪，世间不再有假药害人。

　　李时珍回到蕲州，风餐露宿，亲身试药，为修本草收集第一手资料。

　　当年的倭寇小藤以商人身份来找李时珍拜师学医。李时珍见其诚恳，收留了他。小藤发现《本草纲目》书稿，顿生贼心。他趁李时珍不备，偷走书稿。斯语阻止小藤，虽保住了书稿，但不幸被杀害。李时珍悲痛欲绝。

　　万历十四年前后，《本草纲目》编写完成，王世贞答应为该书写序。万历接到王世贞的上疏，下令让李时珍进京献书。可正当李时珍准备动身之际，蕲州附近开始流行“天花”，李时珍决定暂不进京，赶赴疫区为百姓治病。

　　在李时珍等人的努力下，“天花”得到控制。可李时珍自己却因过度劳累病倒了。临终时，李时珍嘱咐建元将《本草纲目》进奉于朝，福泽天下后世。在幻觉中，李时珍仿佛看到《本草纲目》被进奉给皇上的情景。

　　三年后，李建元将《本草纲目》进献给神宗。

　　神宗派使者将《本草纲目》送往日本、朝鲜等地，使我中华文明福泽世界。